온천이 발견된 지역 중 3만㎡ 미만의 소규모 온천개발이 필요하다고 인정하는 지역에 대하여 특별자치도지사·시장·군수 또는 자치구의 구청장이 「온천법」 에 따라 지정·고시한 구역을 말한다.

온천공보호구역은 소규모 온천개발의 활성화를 도모하고자 도입한 제도로서, 온천공의 1일 적정 양수량 등을 고려하여 온천원보호지구로 지정되지 않은 지역으로서 다음의 어느 하나에 해당하는 지역에 대하여 지정한다. 이 경우 온천공보호구역의 개발예정지 안에서 온천우선이용권자의 소유토지가 50%를 초과하여야 한다.

① 도시·군계획 여건, 건축물 현황 등 주변여건으로 보아 소규모 온천개발이 필요한 지역

② 토지의 용도 및 형태, 지역여건, 기존 온천의 유무 등을 감안하여 소규모 온천개발이 적합하다고 인정되는 지역

온천발견신고를 수리한 때에는 그 수리한 날부터 6개월 이내에 온천공보호구역으로의 지정에 필요한 절차를 이행하여야 하며, 온천공보호구역으로 지정된 경우 해당 지역이 「지하수법」 에 따라 지하수보전구역으로 지정된 지역인 경우에는 지하수보전구역의 지정이 해제된 것으로 본다.