수산자원을 보호·육성하기 위하여 필요한 공유수면이나 그에 인접한 토지에 대하여 해양수산부장관이 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」 에 따라 도시·군관리계획으로 결정·고시한 구역을 말한다.

수산자원보호구역은 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」 에 의한 용도구역의 한 종류이며, 종전의 「국토이용관리법」 에 따라 지정된 수산자원보전지구가 변경된 것으로서, 자연환경보전지역이 아니더라도 수산자원의 보호·육성을 위하여 필요한 공유수면이나 그에 인접된 토지를 수산자원보호구역으로 지정할 수 있다.

수산자원보호구역 안에서 건축제한은 「수산자원관리법」 에서 정하는 바에 따르며, 건폐율과 용적률의 최대한도는 각각 40% 이하, 80% 이하의 범위 안에서 특별시·광역시·특별자치시·특별자치도·시 또는 군조례에서 정하는 바에 따른다.