국토교통부장관이 지정된 공공주택지구를 해제하는 경우 일정규모 이상으로서 체계적인 관리계획을 수립하여 관리하지 않으면 난개발이 우려되는 지역에 대하여 「공공주택 특별법」에 따라 10년의 범위에서 지정하는 지역을 말한다. 국토교통부장관이 특별관리지역을 지정하려면 특별관리지역 관리계획을 수립하여야 하는데, 종전 공공주택지구의 공공주택사업자가 계획의 입안을 제안할 수 있다.

특별관리지역은 지정기간이 만료되거나 해당 기관장이 그 지역에 대하여 일정한 개발사업을 위한 지정·승인·허가·인가 등을 하여 도시·군관리계획을 수립한 경우에는 해제된 것으로 본다. 특별관리지역의 지정기간이 만료된 때에는 해당 특별시장·광역시장·특별자치시장·특별자치도지사·시장 또는 군수는 지체 없이 도시·군관리계획을 수립하여야 하는데, 이들이 요청한 경우에는 국토교통부장관이 도시·군관리계획을 직접 입안할 수 있다.

특별관리지역에서 해제된 후 해당 사업이 취소되거나 지정 등이 해제된 때에는 해당 지역을 특별관리지역으로 재지정할 수 있다.