해양생태계 및 해양생물다양성을 통합적으로 보전ㆍ관리하고 해양생태계의 구조와 기능의 연속성을 유지하기 위하여 중요한 지역 또는 해역을 연결하여 구성된 축을 말한다(2021. 6. 9. 시행).

해양수산부장관이 해양생태축을 설정하려는 때에는 지방자치단체의 장의 의견을 듣고 관계 중앙행정기관의 장과 협의한 후 「해양수산발전 기본법」 에 따른 해양수산발전위원회의 심의를 거쳐야 한다.

해양수산부장관은 해양생태계를 종합적이고 체계적으로 보전ㆍ관리하기 위하여 해양생태계보전ㆍ관리기본계획을 수립하며 기본계획에는 해양생태축의 설정 및 관리에 관한 사항이 포함되어야 한다. 해양수산부장관은 기본계획에 따라 관계 중앙행정기관의 장 및 지방자치단체의 장과 협의하여 해양생태축의 보전ㆍ관리를 위한 관리계획을 5년마다 수립ㆍ시행하여야 한다.

해양수산부장관, 관계 중앙행정기관의 장 또는 지방자치단체의 장이 해양보호구역의 지정ㆍ관리, 해양경관의 보전을 위한 조치 등을 하는 경우에는 해양생태축을 우선적으로 고려하여야 한다.