항만지역등의 대기질을 개선하기 위하여 종합적인 시책을 추진하고, 항만배출원(港灣排出原)을 체계적으로 관리함으로써 항만지역등 및 인근 지역 주민의 건강을 보호하고 쾌적한 생활환경을 조성함을 목적으로 하여 「항만지역등 대기질 개선에 관한 특별법」 이 정하는 구역이다.

이 법에 따른 항만대기질관리구역은 항만지역등 중 대기오염이 심하다고 인정되는 지역, 해당 지역에서 배출되는 대기오염물질이 항만지역등의 대기오염에 크게 영향을 미친다고 인정되는 지역 중 대통령령으로 정하는 지역을 말한다.

해양수산부장관은 항만지역등의 대기질 개선을 위하여 환경부장관과 사전에 협의하여 5년마다 항만지역등 대기질 개선종합계획을 수립하며, 대기질개선목표를 달성하기 위하여 항만대기질관리구역 내에 별도로 황산화물 배출규제해역을 정하여 고시할 수 있다.