시·도해양보호구역은 해양보호구역에 준하여 보전할 필요가 있다고 인정되는 지역 또는 해역을 대상으로 시·도지사가 지정·고시한 지역을 말하며, 해양보호구역에 준하여 지방자치단체의 조례가 정하는 바에 의하여 해양생물의 포획·채취를 제한할 수 있다.

시·도해양보호구역은 해양생태계의 특성에 따라 다음과 같이 세부구역으로 구분하여 지정·관리한다.

① 시·도해양생물보호구역 : 시·도의 보호대상해양생물의 보호를 위하여 필요한 구역을 말한다.

② 시·도해양생태계보호구역 : 시·도의 해양생태계가 특히 우수하거나 해양생물다양성이 풍부한 구역 또는 취약한 생태계로서 훼손되는 경우 복원하기 어려운 구역을 말한다.

③ 시·도해양경관보호구역 : 시·도의 바닷가 또는 바다 속의 지형·지질 및 생물상 등이 해양생태계와 잘 어우러져 해양경관적 가치가 탁월한 구역을 말한다.