① 하천수와 복류수의 경우：취수지점을 기점으로 유하거리 4㎞를 표준거리로 하되, 수질오염상태, 취수량, 취수비율, 주변지역의 개발잠재력 등을 고려하여 표준거리를 가감할 수 있다. 이 경우 보호구역의 폭은 집수구역으로 하되 집수구역 중 빗물, 오수나 폐수가 제방 등에 의하여 상수원으로 직접 유입되지 아니하는 지역의 경우는 제외한다.

② 호소수의 경우：하천수나 복류수의 경우와 같은 기준에 따라 지정하되 상수원전용댐, 1일 취수량 10만톤 이상의 상수원, 그 밖에 지역의 특성상 필요하다고 인정되는 호소는 표준거리의 산정기점을 호소의 만수위선으로 한다. 이 경우 만수위구역에서 유하거리가 10㎞를 초과하고, 집수구역의 면적이 150㎢를 초과하면 취수지점에서 유하거리 10㎞를 초과하는 지역에 대해서는 지역특성을 고려하여 폭을 따로 정할 수 있다.

③ 지하수의 경우：취수지점을 기점으로 지하 깊이, 수질, 취수량, 인접지역의 토지이용상태, 토양의 투수계수, 지층의 구조, 지하수맥 등을 고려하여 지정한다.

금강·낙동강·영산강·섬진강수계 물관리 관계 법령에 의한 상수원보호구역은 시·도지사가 취수시설(광역상수도 및 지방상수도의 취수시설만 해당)에서 취수하는 원수의 연평균 수질이 다음의 기준에 미달하면 그 취수시설의 상류 집수구역 중 「수도법」 에 의한 상수원보호구역 지정기준에 해당하는 지역을 「수도법」 에도 불구하고 상수원보호구역으로 지정하며, 상수원보호구역이 지정·공고된 경우에는 「수도법」 에 따라 지정·공고된 것으로 본다.

① 하천인 경우: 생물화학적 산소요구량이 ℓ당 1㎎ 이하

② 호소인 경우: 화학적 산소요구량이 ℓ당 2㎎ 이하

상수원보호구역 안에서는 수질오염물질을 버리는 행위 등의 상수원을 오염시키는 행위는 금지되며, 수원보호구역의 상류지역이나 취수시설(광역상수도 및 지방상수도의 취수시설만 해당)의 상류·하류 일정 지역에서는 공장 설립이 제한된다. 다만, 건축물의 신축·증축·개축(改築)·재축(再築)·이전·변경 등으로서 일정 요건을 충족하는 경우는 특별자치도지사·시장·군수·구청장의 허가 또는 신고를 받아 할 수 있다.