국가혁신융복합단지는 물적·인적 인프라가 갖추어진 기존의 구역·지구·단지·특구를 활용하여 새로운 경제적·산업적 상승효과의 발생을 촉진하고, 국가균형발전 및 지역경제 활성화에 이바지하는 성장거점으로서 「국가균형발전특별법」에 따라 지정·고시하는 지역이다.

시·도지사는 관할 행정구역의 행정중심복합도시, 혁신도시, 기업도시, 경제자유구역 등의 구역·지구·단지·특구의 일부를 국가혁신융복합단지로 지정받으려는 경우 산업통상자원부장관에게 국가혁신융복합단지 지정을 신청하여야 한다. 지정신청을 받은 산업통상자원부장관은 국가균형발전위원회의 심의·의결을 거쳐 국가혁신융복합단지를 지정한다. 이때 국가균형발전위원회는 기업의 유치·집적가능성 등을 고려하여야 한다.