한라산국립공원, 도시지역 및 제주자치도의 부속도서를 제외한 지역 중 지하수자원·생태계와 경관을 보전하기 위하여 필요한 지역으로서 「제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법」에 따라 지정·고시된 지역을 말한다.

관리보전지역은 그 환경특성에 따라 이를 지하수자원보전지구, 생태계보전지구 및 경관보전지구로 세분하여 지정하되, 다시 이를 등급별로 세분할 수 있다. 지하수자원보전지구, 생태계보전지구와 경관보전지구의 지정기준 및 등급기준은 「제주특별자치도 보전지역 관리에 관한 조례」 별표1의 보전지구별 등급지정기준에 따른다.

① 지하수자원보전지구 : 숨골·용암동굴·함몰지 등 투수성 지질구조요소, 토양의 오염지수 등 토양요소를 조사하고 이를 고려하여 지정한다.

② 생태계보전지구 : 희귀·멸종위기·특산·자생식물군락지 및 자연림 등의 식물상 요소, 희귀·멸종위기·천연기념 동물 서식지 및 수림지역 등 서식환경지역의 동물상 요소를 조사하고 이를 고려하여 지정한다.

③ 경관보전지구 : 기생화산·하천·구릉·주요도로변 등 경관미 요소를 조사하고 이를 고려하여 지정한다.

관리보전지역 안에서는 다음의 어느 하나에 해당하는 행위는 제한되며, 보전지구별·등급별 행위제한의 구체적인 내용은 다음의 어느 하나에 해당하는 범위 안에서 도조례로 정한다.

① 지하수자원보전지구 : 폐수배출시설의 설치행위, 폐기물 처리시설의 설치행위, 생활하수 발생시설의 설치행위, 가축분뇨 배출시설의 설치행위, 토지의 형질변경행위

② 생태계보전지구 : 산림훼손 및 토지의 형질변경행위

③ 경관보전지구 : 건축물의 건축, 공작물 그 밖의 시설의 설치 및 토지의 형질변경행위