금강수계, 낙동강수계, 영산강·섬진강수계 및 한강수계에서는 환경부장관이 수계의 이용상황과 수질상태 등을 고려하여 수계구간별로 목표수질을 정하여 고시하고, 이를 달성·유지하기 위하여 수계관리위원회와 협의를 거쳐 오염총량관리기본방침을 수립하여 관계 시·도지사에게 통보하며, 시·도지사는 오염총량관리기본방침에 따라 오염총량관리기본계획을 수립한다.

그러면 광역시장·특별자치시장·시장·군수가 오염총량관리기본계획에 따라 오염총량관리시행계획을 수립·시행하며, 이에 대한 전년도의 이행사항을 평가한 보고서를 작성·제출한다. 그 결과 연도별 할당 오염부하량을 초과한 경우에는 환경부장관, 시·도지사 또는 시장·군수·구청장은 건축물의 신축, 폐수배출시설 및 배출시설의 설치를 허가하지 않을 수 있는데, 이를 위해 지정한 지역이 건축 등 허가제한지역이다.